Com a confirmação do diagnóstico positivo do transtorno do espectro autista (TEA), o passo seguinte é a definição do tratamento adequado às particularidades do quadro do indivíduo. No geral, pesquisadores e clínicos têm destacado os benefícios de terapias comportamentais, como o método ABA e TCC. É importante relembrar que para os sintomas de TEA especificamente não há nenhuma medicação que possa ser usada no tratamento. As medicações são utilizadas apenas para tratamento das comorbidades. A Análise Aplicada do Comportamento (a sigla ABA vem do inglês Applied Behavior Analysis) trabalha os princípios da aprendizagem operante para incentivar a reprodução de comportamentos positivos e a aquisição de novas habilidades por meio de práticas intensas e reforço direcionado. As técnicas usadas no método ABA para crianças com TEA podem incluir: 

• Reforço positivo: uso de prêmio (comida, brindes ou brinquedos) para incentivar comportamentos desejáveis; 
• Moldagem: recompensa por aproximações ou componentes de um comportamento desejável, até que este seja alcançado por completo; 
• Desvanecimento: redução de instruções para aumentar a independência; 
• Extinção: remoção de reforço, quando há a persistência de um problema comportamental;
• Punição: aplicação de estímulo indesejável para inibir problemas comportamentais; 
• Reforço diferencial: reforço de uma alternativa socialmente aceitável ou a falta de um comportamento indesejável;

Programas baseados na ABA são atualmente vistos como tratamentos de primeira linha para o TEA no início da infância, com resultados significativos na melhoria do desempenho cognitivo, habilidades linguísticas e comportamento adaptativo. 

Pertencente ao campo da psicoterapia, a Terapia Cognitivo-Comportamental (TCC) ajuda a pessoa com TEA a compreender como os seus pensamentos e emoções influenciam seus comportamentos disfuncionais. Dessa forma, a terapia estimula a capacidade de reflexão e o autoconhecimento, promovendo mudanças comportamentais e a regulação do humor. 

Um crescente número de relatórios reúnem evidências da eficácia da TCC no tratamento de crianças em idade escolar e jovens adolescentes com TEA. 

Melhoras na ansiedade, na auto-ajuda e nas habilidades do dia a dia têm sido relatadas. Tais descobertas encorajam a consideração de abordagens da TCC modificadas para tratar a ansiedade em crianças com TEA em alto nível funcional, o que é relevante já que muitas crianças com TEA relatam sintomas relacionados à ansiedade.